La CTC s’est engagée dans un processus de modernisation et de développement de son chemin de fer. Pour cela, des investissements importants sont prévus pour le réseau, les matériels roulants, les installations fixes et les outillages. Cette modernisation est financée par les trois programmes d’intervention territoriaux (CPER, DOCUP et PEI).

La première convention d'application finance :

• Le renouvellement de 100 Km de voies ferrées, représentant environ la moitié du linéaire total, pour un montant total de 80 M€ ; (dont les 3 premières tranches d’un montant de 63,2 M€ sont programmées sur le PEI pour un montant de subvention de 38 M€) . Opération complétée par un programme de confortement et de protection des talus (3 M€), représentant 1,85 M€ de subvention CPER,
• La mise en place d‘un nouveau système de gestion des circulations pour un montant de 4,8 M€, représentant 1,9 M€ de subvention FEDER et 1,75 M€ de subvention CPER,
• L’acquisition de 12 autorails de nouvelle génération qui seront livrés en 2007 pour un montant de 44 M€, représentant 3,6 M€ de subvention FEDER et 24,6 M€ de subvention PEI.

En terme financier, il est notable que :

• le niveau d’engagement est très satisfaisant, puisque le PEI est totalement engagé,
• le niveau de paiement est satisfaisant, puisque 87% du programme général est déjà justifié