Le contrat de plan, le DocUP puis le FEADER prévoient des mesures très importantes en matière agricole. Le PEI s'attache à compléter les outils existants sur les secteurs qui relèvent du rattrapage structurel de ce programme.

La carence d'abattoirs en Corse qui sont actuellement basés en Corse du Sud sur les communes de Cuttoli, Bastelica, Sartène et Porto-Vecchio a conduit à considérer la modernisation de la filière viande comme la mesure la plus urgente à mettre en oeuvre dans la première phase du PEI (2002-2006).

Ainsi, il a été prévu la mise aux normes des abattoirs existants et la création d'abattoirs répartis sur le territoire en fonction de la localisation des productions afin de satisfaire aux besoins exprimés par les éleveurs de Haute-Corse et de Corse du Sud pour l'abattage et la commercialisation des viandes bovines, porcines et ovines et répondre ainsi aux obligations sanitaires et permettre le développement des filières amont et aval.

Deux abattoirs ont ainsi été prévus : un en Haute-Corse sur la commune de Ponte-Leccia et un en Corse du Sud sur la commune de Cozzano.

Pour atteindre cet objectif, il est inscrit une somme de 6,36 M€ sur la période.

A ce jour, les projets de construction d'abattoirs envisagés ont été programmés et sont pour partie réalisés.

L'abattoir de Haute-Corse a été construit sur la commune de Ponte-Leccia. La maîtrise d'ouvrage du projet a été assurée par le Conseil Général de Haute-Corse. Son coût total de réalisation (étude comprise) s'élève à 4 100 000,00 € financé à 75 % sur les crédits du PEI et 25 % par le Conseil Général de Haute-Corse.
L'abattoir de Ponte Leccia est un abattoir multi-espèces d'une capacité totale de 1500 tonnes/an soit :

• Bovins : 400 tonnes/an
• Veaux : 700 tonnes/an,
• Ovins-caprins : 200 tonnes/an,
• Porcins : 200 tonnes/an

Le projet est terminé et la mise en service de l'abattoir a été effective en septembre 2005. L'abattoir est actuellement exploité par la SICA Montagna Corsa.

L'abattoir de Corse du Sud est en cours de construction et malgré un attentat sur le chantier en 2007, la livraison reste prévue pour 2008. La maîtrise d'ouvrage est assurée par la Commune de Cozzano. Son coût total de réalisation s'élève à 1 362 700,00 € financé à 75 % sur des crédits du PEI et 25 % par la Commune de Cozzano.
L'abattoir de Cozzano est un abattoir communal de montagne spécialisé dans l'élevage porcin, d'une capacité totale de 400 tonnes/an.
Le projet est en cours de réalisation.

Le dernier projet sur l'actuelle convention 2002 - 2006, concerne une opération de modernisation des équipements de traitement des effluents des abattoirs dont le SMAC (syndicat mixte d'abattage Corse) assure désormais la compétence.